很多行业在使用纯水设备制水时都会对水消毒，不同的行业对水质的要求有不同。通过不同的杀菌方式得到的结果也有所不同。

常见的消毒方式有巴氏消毒、紫外线杀菌、臭氧杀菌、纯蒸汽杀菌、过热水杀菌等。用得较多的就数紫外线杀菌和臭氧杀菌了。紫外线杀菌它能够减慢水里面的新菌生产速度进而影响生物膜的形成，但是不能降低水中微生物的负荷，所以只能消灭大约90%的微生物。臭氧杀菌主要是通过氧化作用来破坏微生物膜的结构，可以杀死绝大部分的细菌。臭氧不仅能够杀菌，还能分解水中的污染物，对臭味、脱色、杀菌、去除酚、氰、铁、锰和降低COD、BOD等都具有显着的效果。所以，臭氧杀菌也成为成为了一种主流。